新故事讲述了神秘动物学机构 Monarch 的英勇努力，其成员面对一连串神大小的怪物，包括强大的哥斯拉，与 Mothra、Rodan 和他的终极克星、三为首的国王 Ghidorah 发生碰撞。当这些被认为仅仅是神话的古老超级物种再次崛起时，它们都在争夺霸权，人类的生存岌岌可危。